برای ادامه موسیقی به هنرستان موسیقی ملی رفت، در آنجا سه تار چندان مورد استفاده نبود و او اجباراً تار را برگزید. با سازهای دیگر چون ویلن نیز آشنا شد و آن را نزد برادرش محمود ذوالفنون آموخت و در این حال سه تار را همچنان می نواخت. در هنرستان از رهنمودهای مرحوم موسی خان معروفی در زمینه تكنیك سه تار برخوردار شد و به این ترتیب هشت سال آموزش وی در هنرستان به فراگیری سه تار، تار و ویلن گذشت.
همزمان با تاسیس رشته موسیقی دانشكده هنرهای زیبا به آنجا راه یافت و با شخصیت های ارجمند موسیقی ایران نظیر مرحوم نورعلی برومند و داریوش صفوت آشنا شد. از این رو شناخت تازه ای از موسیقی اصیل و امكانات وسیع سه تار كسب كرد.
از سال 1346فعالیت خود را روی سه تار متمركز كرد ، در ادامه راه از روش‌های اساتیدی چون ابوالحسن صبا، ارسلان درگاهی و همچنین راهنمائی‌های ارزنده مرحوم استاد احمد عبادی بهرهٔ فراوان یافت. پس از پایان دانشكده در همانجا و در مركز حفظ و اشاعه موسیقی ملی به تدریس سه تار پرداخت. در این سال‌ها از راهنمایی استدان یوسف فروتن و سعید هرمزی كه از نوازندگان قدیمی سه تار بودند بر خوردار گردید.
پس از اتمام دانشكده در همان جا و نیز مركز حفظ و اشاعه موسیقی ملی به تدریس سه تار پرداخت. حضور در این مركز باعث شد از محضر اساتیدی چون سعید هرمزی و یوسف فروتن بهره گیرد. او تا به حال در كنسرت ها و برنامه های متعدد هنری داخل و خارج كشور شركت داشته و آثار هنری بسیاری از خود به جای گذاشته است.
در سال های آخر زندگی، او بیشتر به تدریس و تحقیق در زمینه نوازندگی سه تار پرداخت. در این رهگذر به شیوه‌ها و روش‌های تازه‌ای پرداخته كه حاصل آن تألیف كتاب‌هایی در زمینهٔ آموزش و تكنیك سه تار و همچنین ضبط برنامه‌های متعددی به صورت كاست مخصوصا آثار ماندگاری چون گل صد برگ و آتشی در نیستان با صدای شهرام ناظری و همچنین آثاری برای تكنوازی از جمله آلبوم‌های پرند، پیوند، پرواز، دل آوا، دانه‌های مروارید، رقص مضراب و غیره است.
جلال ذوالفنون در 28 اسفند 1390 در كرج درگذشت و دوم فروردین 91 در میان تشییع جمعیت زیادی از علاقمندان ش در امامزاده طاهر به خاك سپرده شد.